U Tajvanu postoji više od 20 različitih autohtonih skupina, podijeljenih na "visoke" i "nizinske". Mnogi nizinski narodi sklopili su brakove s Hanima, a njihovi su jezici ugroženi ili izumrli. Na primjer, nizinski Makatao pokazao je Han primjesu koja datira iz posljednjih 100 godina. Planinska skupina poznata kao Ataial pokazala je najjasniji genetski profil, što ukazuje na značajnu izolaciju od drugih skupina tijekom proteklih 3.000 godina.
Uključivanjem objavljenih drevnih genoma u svoje analize, autori su zaključili da postoji mala razlika između tajvanskih i netajvanskih skupina, pri čemu potonje i današnje planinske skupine pokazuju dodatne interakcije iz sjeverne istočne Azije. Rad je objavljen u časopisu PNAS Nekus.
Austronežani izvan Tajvana najbliži su rođaci južnih brdskih naroda Tajvana. Koja je točno domorodačka skupina roditelj austronezijske dijaspore još uvijek je predmet rasprave. Rezultati temeljeni na haplotipovima sugeriraju da su Ami izvorna populacija, što je u skladu s nedavnom lingvističkom analizom.
Međutim, drugačiji pristup, usporedbe f4 na temelju alela, pokazuje da Rukai dijele više podrijetla sa skupinama koje su napustile Tajvan nego Ami. Autori nagađaju da rezultati temeljeni na haplotipovima za Amis mogu odražavati nedavnu povratnu migraciju i kontakt. Prema autorima, rezultati studije pokazuju važnost razmatranja genetskog sastava unutar Tajvana kada se donose zaključci o događajima unutar i izvan Tajvana.
